Es uno de los asentamientos humanos más antiguos de España. Desde las primeras incursiones fenicias y cartaginesas empieza ser nombrada como Acci, antecedente de su actual nombre, Wadi o Guad Acci. Fue la importante colonia romana Julia Gemella Acci, y una de las primeras diócesis cristianas de España.
Con la dominación musulmana, la Ciudad adquiere la fisonomía urbanística árabe, que todavía se hace notar en algunas de sus calles.
Durante los siglos XI y XII, Wadi Acci constituyó, junto con Baza, una de las más florecientes taifas de al-Andalus, reino que desaparecería absorbido por el movimiento fundamentalista almohade Participará en las guerras civiles granadinas llegando a ser la corte del rey Zagal, que la entregará a los Reyes Católicos en el año 1489. En el año 1833, nace en Guadix Pedro Antonio de Alarcón. Dos de sus obras estarán vinculadas a esta ciudad: "El niño de la Bola" y "El sombrero de tres picos".
